取消進口設備免稅政策
鼓勵自主創新，體現稅負公平
作為轉型改革的配套措施，將相應取消進口設備增值稅免稅政策和外商投資企業采購國產設備增值稅退稅政策，將礦產品增值稅稅率恢復到17％。
取消的進口設備免征增值稅政策，主要基于兩點考慮：一是進口免稅設備范圍較寬，不利于自主創新、設備國產化和我國裝備制造業的振興；二是內資企業進口設備的免稅范圍小于外資企業，稅負不公。轉型改革后，企業購買設備，不管是進口的還是國產的，其進項稅額均可以抵扣，原有政策已經可以用新的方式替代，原來對進口設備免稅的必要性已不復存在，這一政策應予停止執行。
外商投資企業采購國產設備增值稅退稅政策也是在生產型增值稅和對進口設備免征增值稅的背景下出臺的。由于轉型改革后，這部分設備一樣能得到抵扣，因此，外商投資企業采購國產設備增值稅退稅政策也相應停止執行。
轉型改革后，礦山企業外購設備將納入進項稅額的抵扣范圍，整體稅負將有所下降，為公平稅負，規范稅制，促進資源節約和綜合利用，需要將金屬礦、非金屬礦采選產品的增值稅稅率恢復到17％。
小規模納稅人征收率降低至3％
將調高營業稅起征點，進一步促進中小企業發展
適用轉型改革的對象是增值稅一般納稅人，改革后這些納稅人的增值稅負擔會普遍下降，而規模小、財務核算不健全的小規模納稅人(包括個體工商戶)，由于是按照銷售額和征收率計算繳納增值稅且不抵扣進項稅額，其增值稅負擔不會因轉型改革而降低。
為了平衡小規模納稅人與一般納稅人之間的稅負水平，需要相應降低小規模納稅人的征收率。現行政策規定，小規模納稅人按工業和商業兩類分別適用6％和4％的征收率。考慮到現實經濟活動中小規模納稅人混業經營十分普遍，因此將小規模納稅人的征收率統一降低至3％。小規模納稅人征收率水平的大幅下調，將進一步減輕中小企業稅收負擔。
此外，財政部和國家稅務總局還將通過調高營業稅起征點等政策在稅收上進一步鼓勵中小企業的發展。